يباشر مجلس الصحة لدول مجلس التعاون مع الهيئة التنفيذية أعماله من مقره في مدينة الرياض في المملكة العربية السعودية، حيث يضم مديراً عاماً وكادراً مكوناً من طاقم عمل فني ومالي وإداري يسهمون بدورهم في القيام بأعمال المجلس وتحقيق استراتيجيته ممثلاً بالمدير العام في اجتماعات المجلس، ويقوم بإبلاغ أعضاء الهيئة التنفيذية بجدول الأعمال قبل أسبوعين من موعد الاجتماع، ويقتصر جدول أعمال الاجتماعات الطارئة على الموضوعات العاجلة والتي تتطلب ضرورة عرضها على المجلس، ويقوم المجلس بإعداد التقارير والمذكرات المتعلّقة بكل موضوع على حدة مرفقاً بتوصيات الهيئة التنفيذية بشأنه.
